Nel 1539 Carlo V promuove la città di Lecce a capoluogo della Puglia. Il risultato di questo periodo florido per la città è dato dall’affermarsi di quel fenomeno architettonico chiamato barocco leccese.
Simbolo della flora dell’intera regione Puglia è l’ulivo, che dal Tavoliere fino al basso Salento caratterizza il territorio attraverso distese sterminate che si perdono all’orizzonte.
Gli ulivi con la loro bellezza e con il fascino, trasmesso dai secolari tronchi ricurvi, rappresentano la storia della puglia attraverso la loro millenaria presenza sul territorio. Gli oliveti di Puglia rappresentano il più antico raggruppamento di esemplari di piante, con la maggior presenza al mondo di esemplari millenari.
Una vastità di Biotopi di specie vegetali ed animali frequenta la regione Puglia anche se solo il 7% delle aree del territorio sono protette. La vegetazione spontanea nel territorio della Puglia si presenta sotto forme di bosco, di macchia e di « ganga » (pascolo roccioso).
Nella regione sono presenti due parchi nazionali: il Parco Nazionale del Gargano che comprende diverse aree e riserve, e le zone umide dei laghi di Lesina e Varano; e il parco Nazionale dell’Alta Murgia.